Aminosyrer er små, organiske molekyler som inneholder karbon, oksygen, hydrogen og nitrogen; noen også svovel (cystein og metionin). Som grunnleggende byggesteiner i proteiner utgjør de minst 50% av tørrvekten i alle levende celler. I naturen finnes minst 100 forskjellige aminosyrer, hvorav ca. 20 trengs for at dyr skal kunne lage proteiner med høyst ulike oppgaver. Disse danner flere tusen enzymer, muskler, bindevev, hormoner, linsen i øyet, hår, signalsubstanser i nervecellene, fjær, blod, edderkoppnett, skilpaddeskall, egg og melkeproteiner, enkefaliner (kroppens egne opiater), muggsoppgifter, antistoffer og immunstimulerende molekyler i blodet og mange andre biologisk aktive substanser. I naturen finnes langt over 100.000 ulike proteiner, hvorav pattedyrene har minst 50.000.

Når man spiser proteiner, spaltes de gradvis ned til aminosyrer og peptider i mage- og tarmkanalen ved hjelpe av enzymer (såkalte proteaser eller peptidaser). Peptider er to eller tre aminosyrer som henger sammen. Fordøyelsesenzymene skilles ut både fra celler i magesekken og fra bukspyttkjertelen, som leverer enzymene til tynntarmen. Det hender at proteiner "lekker inn" fra tarmene og gir allergiske reaksjoner i blodet, eller at ufordøyet protein kommer ned i tykktarmen og omdannes til likgifter med lite koselige navn som putrecin og cadaverin. Hvis man har for lite egne fordøyelsesenzymer, kan disse tilføres gjennom kosten eller som kosttilskudd.